Le scénarioL'histoire se déroule dans un monde au bord de la crise. Afin de rapprocher les différentes espèce intelligentes et de réguler le terrorisme interplanetaire, les plus puissantes planètes créent la Fédération Galactique, dont le nombre de planètes membres ne cessent de grossir. Les "Chozos", la race la plus intelligente connue de la galaxie, enseignent aux différentes civilisations quelque rudiments de leur technologie de pointe, afin de maintenir la stabilité de l'univers.
De l'autre coté, les Pirates de l'Espace, peuple nomade ultraviolents très avancés technologiquement, vivent de leurs pillages effectués par leurs armées suréquipées sur les autres planètes, et récupèrent petit à petit les secrets chozos disséminés dans la galaxie. Ces derniers combattent arduement les pirates, puis disparaissent totalement de la galaxie, laissant derrières eux leurs colonies en ruine. Que leur est il arrivé ? Pourquoi les représentants de ce peuple éparpillés au quatre coins de l'unvers ont ils tous disparu en même temps ? Les recherches de la Fédération Galactique sont vaines, et ces dernier restent seul face au pirates. Certaines des prophéties chozos retrouvées prétendent tout de même que leur peuple attend la venue de l"Élu" de la lumière, équipé de leurs armes et armure, qui achevera leur œuvre.
Le temps passa et l'Elu ne vint pas. Toute la bordue exterieure de la galaxie est maintenant sous le joug des Pirates de l'Espace qui se sont relancé sur les dernières études des chozos au sujet des armes biologiques. Sur la petite colonie terrienne K-2L naît Samus Aran. Alors que cette dernière est agée de 5 ans, la colonie est attaquée par une esquadron scientifique des pirates de l'espace. La police galactiue sur place tente de resister, mais est balayées par la nouvelle "recrue" des pirate ici à l'essai : "Ridley". La famille de Samus est massacrée ainsi que tous les habitant de K-2L, exceptée Samus Aran elle-même, cachée par sa mère. Cette dernière est recceuillie après le drame par deux Chozos rescapés arrivés trop tard. Ces derniers la ramène sur la dernière planète chozo, Zebes où il la forme comme un guerrier Chozo. Une dizaine d'années plus tard, Samus achève son entrainement et se voit confier un Costume de Puissance sur mesure, le seul de toute l'Histoire Galactique.
Samus, dans le but d'éliminer la menace Pirate afin de venger ses parents, devient un "Space Hunter", un des mercenaires de la Fédération galactique.
Cependant, une de ses missions la ramenera sur Zebes, à présent en ruine, afin d'y effectuer sa mission zéro.
Car les Pirates de l'Espace, dans leur soif de pouvoir, viennent de reveiller une ancienne malédiction : les Metroïdes ...
Principe du jeuMetroid est une série de jeux de plate-forme vu de profil qui possède maintenant une série parallèle dite "Prime" qui elle se présente comme un jeu d'aventure à la première personne dit 3"FPA". L'idée principale du jeu consiste à faire évoluer l'équipement de Samus Aran dans de gigantesques mondes labyrinthiques infestés de nombreuses sortes de créatures. Au début de chacune de ses aventures, Samus n'est généralement équipée que de du Costume de Puissance basique dit "Barrier" ainsi que du Rayon de Puissance. Dans la série Prime, elle commence avec un armement un peu plus avancé constitué du costume Varia, du lance-missile, du rayon de charge, de la boule morphing et des bottes de saut spatial. Le scénario prévoit que la chasseuse de prime soit rapidement dépouillée dudit materiel. Le Costume de Puissance possède une structure molléculaire variable, ce qui permet à Samus d'obtenir des armes et accessoires supplémentaires au fur et à mesure, tel que le lance-missiles ou le Rayon de Glace, mais aussi des armures plus performantes, comme que le Costume de Gravité qui permet de se déplacer sous l'eau et dans l'espace sans contrainte. Une fois les objet récupérés, le joueur peut alors retourner dans les zones déjà visitées afin d'acceder aux salles inateignable auparavant. Ce principe révolutionnaire à l'époque a été repris rapidement par Castelvania.
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